除了“护卫舰队”外，“自卫舰队”编制内还包括由退居二线的老式通用驱逐舰和导弹护卫舰组成的5个“地方配备护卫队”以及以水雷和反水雷任务为主的“扫海队”。

根据防卫省的新计划，海上自卫队将所有水面作战舰艇统一纳入以横须贺为司令部的“水上舰队”（暂定名）指挥，并根据舰艇性能重新划分出三个“水上战群”，原本各地方队下辖“导弹艇队”也被取消，以“水上舰队”旗下新设的“巡逻警戒群”取而代之。此外，“水上舰队”另一个新设的“水陆两栖战水雷战队”则可能由此前“自卫舰队”直辖的“扫海队群”、地方队辖下的“扫海队”合并而来。报道称，日本自卫队发言人对此表示，“这是对我们水面舰艇舰队的彻底重组”，预计所有重组计划在2026年3月完成。

改编构想由来已久

根据防卫省官员的说法，组建三支“水上战群”的目的是“灵活应对三个方向战线”的作战需求；“巡逻警戒群”则承担平时海自基地及日本周边海域的警戒监视任务，也能用于应对长期行动，同时还可以保障主力“水上战群”能够专注于训练；“水陆两栖水雷战队”则编入现有的扫雷、运输舰艇，专注于水雷及两栖作战。防卫省宣称，通过将目前的4个护卫舰队改为3个水上战群，每个水上战群的舰艇数量将有所增加，保证每个水上战群有更多战舰可以有效地轮换、训练、维护。“此外，在紧急情况下，所有三个水上战群将能够同时行动应对危机”。

“海军新闻”网站注意到，如果将现有的4个护卫队群转换成3个水上战群，将“多余”1艘直升机航母。在9月3日的新闻发布会上，日本海上自卫队幕僚长斋藤聪被问及“多出的直升机航母”如何处理时，他表示，该航母将会配备给新设的“水陆两栖战水雷战队”。目前日本“扫海群”主要靠“大隅”级两栖运输舰兼任作战指挥，后者的整体战场情报统筹能力明显弱于即将到来的直升机航母。