台湾政治大学兼任教授高永光16日撰文称，陆委会的说法恍如把罹难者视为“罪犯”，没有展现任何人道立场关怀，“除了‘可恶’可以形容外，没有其他形容词了”。

该文章称，这种回应对于处理越来越严峻的两岸形势没有任何帮助，“难道一定要搞到敌意螺旋无限上升，最后兵戎相见，民进党才会高兴？”

台湾地区前领导人马英九17日表示，这类事件难免发生，应该依法秉公处理，并批台当局与大陆不对话，是“非常不可想象的事情”，“要怎么解决问题呢？”

中国海警局新闻发言人甘羽18日表示，福建海警局将加强海上执法力量，当天在厦金海域进行常态化执法巡查行动，进一步维护相关海域作业秩序，维护大陆渔民生命财产安全。国台办18日表示，坚决支持大陆海警部门的行动。

台湾《中国时报》报道称，19日一早，金门出海作业船只明显减少，当地渔民都相当担心，但是“为了生活还是要出海捕鱼”，只能无奈地喊话台“海巡署”，尽快公布执勤记录。

金门前副县长吴成典也表示，金门就在海湾里面，哪有什么中线？全球没有人会同意这样的规范，这条线是基于两岸的默契和双方的善意而来的，希望外界不要把这次事故政治化。

台湾“中华战略前瞻协会”研究员揭仲解读认为，国台办发布的新闻稿释出两大信息：一是否定“禁止限制水域”存在；二是借此否认台湾对于渔业经济活动或海峡交通有管辖权，“明显是在大打法律战”。

他说，国台办17日新闻稿强调了“尽快放船放人”，这样的用词再次否定台湾管辖权；文末还提到“大陆方面保留采取进一步措施的权利”，暗示“若未如其期待尽快放船放人，后续恐有一连串行动”。

国民党“立委”马文君特别提醒道，之前佩洛西窜台，大陆直接抹平了所谓的“海峡中线”，塑造了台海局势的新常态，如果民进党当局在此事上依旧秉持“抗中”操作，没有善意，没有沟通的话，不排除大陆会再次出手，在厦金水域之间再塑造一种新常态。