爆炸发生后，加沙地带卫生官员指责以色列进行了“大屠杀”。哈马斯领导人伊斯梅尔·哈尼亚发布声明谴责以色列和美国，称“美国对袭击医院负有责任，因为美国为以色列的侵略提供了掩护”。巴勒斯坦总统阿巴斯的发言人称，这是“可怕的罪行和种族灭绝”，并表示支持以色列的国家也有责任。

巴勒斯坦裔英国外科医生加桑·阿布·西塔（Ghassan Abu Sitta）在推特上发文称：“我来阿赫利医院帮忙。以色列人刚刚袭击了阿赫利医院。”

但对于谁应对爆炸负责，以色列方面有不同说法。以色列总理内塔尼亚胡指责是巴勒斯坦激进分子制造了这次爆炸。以色列国防军则归咎于一个名为“伊斯兰圣战组织”（杰哈德）的巴勒斯坦激进组织，称“很明显以色列国防军没有袭击加沙的医院，是伊斯兰圣战恐怖组织发射失败的火箭击中了医院”。

路透社报道称，巴勒斯坦“伊斯兰圣战组织”发言人驳斥了以色列的指控：“这是一个谎言，这是捏造和完全错误的。占领者（此处指以色列）是为了掩盖他们对平民犯下的可怕罪行和屠杀。”

尽管以色列方面矢口否认，但此次医院爆炸事件后，以色列无疑成为伊斯兰世界的众矢之的。截至目前，约旦、卡塔尔、沙特阿拉伯、土耳其、伊朗等国及阿拉伯联盟均发声，强烈谴责以色列。

其中，土耳其总统埃尔多安17日在声明中称，此次袭击是“以色列在行动中缺乏最基本人类价值观的最新例证”。黎巴嫩真主党呼吁各地穆斯林，在拜登访问以色列之日展现“空前愤怒”。约旦国王谴责以色列犯下了“大屠杀”和“战争罪”，针对平民的行为属于“人类的耻辱”。