到80年代末，两岸“三通”从无到有，在邮政、电信、贸易、投资等方面都取得了不同程度的进展，但由于台湾当局的限制和阻挠，两岸“三通”仍处于间接、单向状态。推动两岸直接“三通”，成为两岸人民不断努力的目标。

90年代初，我们党重申“尽快实现两岸双向、直接‘三通’”。大陆和台湾分别成立海协会和海基会，建立起良好的协调关系，通过会谈磋商加深相互了解，积极推动两岸“三通”发展。1992年11月，两会达成各自以口头方式表述“海峡两岸均坚持一个中国原则”的共识（“九二共识”）。在此基础上，两会还签署了一系列关于发展两岸关系的协议，由此突破了之前台湾当局同大陆的“三不”政策。1995年1月，江泽民在新春茶话会上发表的重要讲话中阐明：两岸直接通邮、通航、通商，是两岸经济发展和各方面交往的客观需要，也是两岸同胞利益之所在，完全应当采取实际步骤加速实现直接“三通”。这一主张对发展两岸关系、推动祖国和平统一进程具有重要意义，引发海内外高度关注和积极反响。然而，两岸交流的良好势头却被当时的台湾当局领导人李登辉破坏殆尽。针对“台独”分裂活动，党从政治、军事、外交等方面开展反分裂反“台独”斗争，打击了台湾分裂势力气焰。

进入21世纪，党将反对和遏制“台独”摆在对台工作更为突出的位置。2005年3月，十届全国人大三次会议通过《反分裂国家法》，充分体现了党维护国家统一与领土完整的坚定决心。2005年4月，胡锦涛会见中国国民党主席连战，实现了中国共产党和中国国民党主要领导人之间60年来第一次历史性握手。在两岸关系取得历史性突破的形势下，大陆方面实施多项对台惠民政策措施，两岸经济文化交流和人员往来进一步加强，打开了遏制“台独”分裂活动、促进两岸关系发展的新局面。海协会与海基会在2008年恢复商谈后，双方先后签署了多项协议，形成两岸全方位交往格局。