皇城开辟四个城门，正门是南端的承天门（天安门），北门名为地安门，东西分别为东安门、西安门。皇城有四个城门，内城有九个城门，民间也以“四九城”代称北京城。陈珪等人将皇城之内建筑腾空、居民外迁，开始铺设各种街道、修造各处衙署，并在核心的中南部大兴土木，兴建宫城。皇帝为上天之子，奉天承运，替天牧民。从秦汉至盛唐，人间帝王所居的宫城都模仿上帝所居的紫微垣，将宫城称为“紫宫”；皇帝居所为禁区，官民不得无故进入，也称“禁城”。计划中的宫城便得名“紫禁城”。

紫禁城的名号，没有法定文字，也没有公开匾额，但在皇权的加持和民俗的流传之下，深植中国人的内心。紫禁城选定的区域，大部分与元朝皇宫重合。元朝覆灭后，就藩北平燕王的朱棣依托元皇宫的基础，修建了燕王府。燕王府沿用了诸多元皇宫建筑，略加改造。如今规划中的紫禁城，肯定不能如藩王府一般因陋就简。陈珪等人需要做的第一件事，便是彻底压制元朝的“王气”。

人们彻底销毁了燕王府，元朝旧建筑也连带着烟消云散。即将崛起的紫禁城，将整体覆盖在元朝的皇宫之上。王朝更迭，以一种略显夸张的原始方式，呈现在了此处。毁掉地面建筑以后，接着刨掉了元朝皇宫的基础，重新做一遍夯土地基，然后人工回填。这种整体重做地基的方法，俗称“满堂红”，新地基称作“一块玉”。元朝旧地基整体挖走，民工们一层三七灰土、一层碎砖进行回填，反复交替。所谓“三七灰土”是将生石灰、黏土按照3:7的比例配制而成。为什么不全部回填灰土呢？碎砖与灰土层层叠叠地夯实，可以降低日后建筑物的沉降隐患。此外，新地基还不计成本，在搭配好的三七灰土上泼洒煮好的糯米汁加白矾。黏稠的糯米掺入灰土之中，增强了地基的整体性和柔韧性，使得新地基成为一块坚硬的整体，完全避免了日后建筑的不均匀沉降。